Hydrogeologie je jedno z „nejstarších řemesel“, protože potřebu zdrojů vody řešily lidské tlupy už od počátku své existence. O tom svědčí i nejstarší studna na světě, jejíž stáří se datuje do cca 7000 let př.n.l. a která leží na našem území. Už ve starověku „proutkaři“ vyhledávali místa vhodná pro studny, zmínky o vyhledávání vody a pramenů jsou zmíněny už ve Starém zákoně, dokonce s přesným geomorfologickým popisem jejich vyhledávání. Starověké zavlažovací kanály na svod podzemních a povrchových vod zvané kanáty (qanats) se objevovaly na celém středním a blízkém východě (Persie, Írán, Alžírsko, Maroko, Afgánistán, Pákistán, Saúdská Arábie). Zatímco řečtí filozofové předpokládali, že voda v pramenech vzniká přechodem z moře (Platón) nebo kondenzací srážek (Aristoteles), praktičtěji zaměření římský architekt Vitruvius už ve svém díle popsal správnou teorii infiltrace z povrchu. Vynikajícími znalci pramenů a zakládání staveb ve ztížených podmínkách podmáčených půd byli příslušníci řádu benediktinů, kteří zakládali své kláštery u pramenů (břevnovský klášter založený u pramene Vojtěška) nebo na dřevěných pilotách v mokřadech (Jan Blažej Santini Aichel pro benediktinský řád v klášterech Rajhrad a Plasy). Kvalita vody byla v Českých zemích bedlivě sledována už od středověku, a to díky významné přítomnosti důlních děl, která nezřídka působila škody na rybích populacích nebo zařízení mlýnů na soutoku s kyselými vodami kontaminovanými kovy pocházejícími ze štol.
V 19. století se fyzici a geologové zaměřovali na zákony pohybu vody v závislosti na hydraulickém gradientu (Henry Darcy, 1856) nebo proudění podzemní vody v artézském prostředí (Chamberlin, 1885), americký hydrogeolog Oscar Edward Meizner publikoval knihu o výskytu podzemních vod na území USA (1923). V 50. letech 20. století se díky ropné krizi začal rozvíjet obor výzkumu geotermálních zdrojů. První hydrogeologické studie v českém království pak byly zpracovávány v polovině 19. století, a to v souvislosti s dolováním. Příkladem je katastrofický průval na dole Döllinger, ke kterému došlo 10. února 1879, a který předznamenal konec slavné historie lázní Teplice. Méně smutnými příklady bylo postupné zakládání městských vodovodů a budování prvních artézských vrtů.
Významní čeští hydrogeologové
Prof. Dr. Ing. Ota Hynie, DrSc.
První český profesor hydrogeologie na Univerzitě Karlově v Praze, autor zásadní publikace Hydrogeologie ČSSR (1. díl Prosté vody, 2.díl Minerální vody). Působil ve Státním geologickém ústavu, zasloužil se zmapování několika oblastí Českého masivu. Je po něm pojmenována Medaile Oty Hynie, kterou uděluje za významný a dlouhodobý přínos české hydrogeologii Český komitét Mezinárodní asociace hydrogeologů (ČK IAH) a Česká asociace hydrogeologů (ČAH).
